医药废水其成分极为复杂，内部所含的病原体、药物残渣或是化学成分等，若是不经处理直接排放到水源系统内，很容易给人群、生物生存带来极大的威胁。由此可见，对于在生产过程中会有医药废水排出的企业而言，做好医药废水处理方面的工作很重要。
　　如何做好医药废水深处理方面的工作
　　1、做好废水预处理方面的工作。由于医药废水内部成分复杂，在对其做处理时，需要逐步进行，而预处理就是对废水进行后续处理之前需做好的工作之一。其目的主要时将废水内部的悬浮物、沉淀物等清理掉，为废水后续处理做好准备。
　　2、对废水做好生物处理方面的工作。所谓的生物处理，即借助微生物将废水内部的部分有机物转化成为无机物，比较常用的应用方法如活性污泥法、生物膜反应器等。
　　3、废水的化学处理。医药废水处理过程中，由于其内部含有较多的化学成分，而利用化学物质促进废水内部某些化学成分的反应，将有害物质转化成为无害物质，也能更好的降低整个废水的污染度，达到一定的优化废水的目的。
　　4、废水的物理处理。在将医药废水做以上处理之后，借助物理法能很好的将废水内部的污染物分离处理，常用方式如沉淀法、过滤法以及吸附法等，此处理的目的是为了更好的降低废水内部污染物的浓度，